它包括取材、固定、脫水、包埋、切片、染色、封片等幾個主要步驟。

特殊染色

為了顯示與確定組織或細胞中的正常結(jié)構(gòu)或病理過程中出現(xiàn)的異常物質(zhì)、病變及病原體等，需要分別選用相應(yīng)的顯示這些成分的染色方法進行染色。包括：膠原纖維染色（Masson等）、網(wǎng)狀纖維染色、彈力纖維染色、肌肉組織染色（磷鎢酸蘇木素）、脂肪染色（蘇丹III）、糖原染色（PAS）、粘液染色（PAS）等。

細胞制片

細胞制片包括各種來源的樣本的制備，比如宮頸脫落細胞樣本、呼吸系統(tǒng)樣本、體腔液樣本、腦脊液脫落細胞樣本、消化道脫落細胞樣本等的制備；細胞固定；細胞染色等。

免疫組化

免疫組化是應(yīng)用免疫學(xué)基本原理——抗原抗體反應(yīng)，即抗原與抗體特異性結(jié)合的原理，通過化學(xué)反應(yīng)使標記抗體的顯色劑（熒光素、酶、金屬離子、同位素） 顯色來確定組織細胞內(nèi)抗原（多肽和蛋白質(zhì)），對其進行定位、定性及定量的方法。免疫組化方法有直接法和間接法；按照標記物的種類可分為免疫熒光法、免疫酶法、免疫鐵蛋白法、免疫金法及放射免疫自影法等。

分子診斷技術(shù)

通過從分子水平上完成DNA、RNA或蛋白質(zhì)檢測，從而對疾病作出診斷的方法稱為分子診斷技術(shù)，常用的方法有基因診斷和腫瘤標志物檢測。
1.基因診斷 用分子生物學(xué)的理論和技術(shù)，通過直接探查基因的存在狀態(tài)或缺陷，從基因結(jié)構(gòu)、定位、復(fù)制、轉(zhuǎn)錄或翻譯水平分析基因的功能，從而對人體狀態(tài)與疾病作出診斷的方法。基因診斷不僅能對某些疾病作出確切的診斷，如確定某些遺傳病，也能確定基因與疾病有關(guān)聯(lián)的狀態(tài)，如對疾病的易感性、發(fā)病類型和階段的確定等。基因診斷的主要技術(shù)有核酸分子雜交（原位雜交、southern雜交、Northern雜交、斑點雜交等）、PCR和生物芯片技術(shù)。
2.腫瘤標志物檢測 是指腫瘤細胞和組織由于相關(guān)基因或異常結(jié)構(gòu)的相關(guān)基因的表達所產(chǎn)生的蛋白質(zhì)和生物活性物質(zhì)，在正常組織中不產(chǎn)生或產(chǎn)量甚微，而在腫瘤病人組織、體液和排泄物中可檢測到。此外，在病人機體中，由于腫瘤組織浸潤正常組織，引起機體免疫功能和代謝異常，產(chǎn)生一些生物活性物質(zhì)和因子，雖然這些物質(zhì)和因子特異性低，但與腫瘤發(fā)生和發(fā)展有關(guān)，也可用于腫瘤輔助診斷。腫瘤標志物分別有：原位性腫瘤相關(guān)物質(zhì)、異位性腫瘤相關(guān)物質(zhì)、胎盤和胎兒性腫瘤相關(guān)物質(zhì)、病毒性腫瘤相關(guān)物質(zhì)，癌基因、抑癌基因及其產(chǎn)物等。腫瘤標志物測定方法包括：生物化學(xué)法、免疫組化法、單克隆抗體法。

電鏡技術(shù)

由于電鏡產(chǎn)生的電子束穿透能力很弱，必須把標本切成厚度小于0.1微米以下的薄片才能適用，這種薄片稱為超薄切片，切片的制作過程基本上和石蠟切片相似。組織從生物活體取下以后，如果不立即進行適當(dāng)處理，會由于細胞內(nèi)部各種酶的作用，出現(xiàn)細胞自溶現(xiàn)象，容易出現(xiàn)人為假象，此外，還可能由于組織干燥脫水、微生物污染等使細胞的超微結(jié)構(gòu)受破壞。因此標本取材時必須要做到快、小、冷、準等四大基本要求。電鏡分透射電鏡和掃描電鏡，兩者標本的制備各有不同。